Da für die Verarbeitung der Wafer die exakte Position in der bearbeitenden Maschine wichtig ist, wurden die Wafer früher (bei GaAs bis 125 mm Durchmesser auch heute noch) mit sogenannten „Flats“ (engl. für »Abflachung«) gekennzeichnet. Dabei wird mit Hilfe eines primären und eventuell eines sekundären Flats angezeigt, welche Winkelorientierung vorliegt und welche Kristallorientierung die Oberfläche hat (siehe Abbildung). Heute werden statt der Flats sogenannte „Notches“ (Kerben) eingesetzt. Sie bieten den Vorteil der genaueren Positionierung und verursachen vor allem weniger Verschnitt.

Heutzutage wird außerdem eine eindeutige Waferkennzeichnung als Barcode, OCR-lesbarer Text und/oder Double dot matrix per Laser auf eine Stelle am Rand oder die Unterseite des Wafers geschrieben.

Die Rohmaterial-Blöcke (aus Silicium) werden als Ingot bezeichnet. Diese können monokristalline oder multikristalline (andere Bezeichnung: polykristalline) Struktur besitzen. Die Form der Ingots und damit auch die der daraus hergestellten Wafer ist für Solarzellen meist quadratisch. Monokristalline Solarzellen gibt es daneben „pseudoquadratisch“, d. h. mit runden Ecken. Dadurch fällt bei der Erzeugung aus den stets runden monokristallinen Ingots weniger Verschnitt an. Die Waferdicke ist meist wesentlich dünner als in der Halbleiterindustrie, circa 200 µm in der aktuellen Massenproduktion. Es werden keine Polierverfahren verwendet. Aus den Wafern werden in mehreren nachfolgenden Bearbeitungsschritten Solarzellen und hieraus wiederum Solarmodule hergestellt.